Свою историю Военная академия тыла и транспорта ведет от Интендантского курса, датой образования которого считается 31 марта 1900 года, когда Николаем II было утверждено «Положение об Интендантском курсе» с местом дислокации в Петербурге. В 1906 году Интендантский курс становится высшим военно-учебным заведением. В 1911 году Интендантский курс преобразован в Интендантскую академию с задачей подготовки специалистов для замещения должностей высших чинов интендантского ведомства. В 1918 году академия была реорганизована в Военно-хозяйственную академию Рабоче-крестьянской Красной Армии.
Около 1000 воспитанников академии приняли участие в гражданской войне, на должностях в различных звеньях тыла Красной Армии – на Восточном, Туркестанском и других фронтах.
За предвоенный период академия подготовила более 3000 квалифицированных организаторов тыла и военных инженеров транспорта.
За годы Великой Отечественной войны было подготовлено более 13 тысяч квалифицированных специалистов тыла и транспорта. За героизм, отвагу и самоотверженный ратный труд во время войны многие выпускники академии награждены орденами и медалями. В числе выпускников академии 15 человек удостоены звания Героя Советского Союза, 15 выпускников удостоены звания Героя Социалистического Труда.
В 1998 году в состав академии на правах ее филиалов входят Вольское высшее училище тыла и Ульяновское высшее военное техническое училище.
В 2008 году в состав академии на правах ее филиалов присоединены Вольское высшее военное училище тыла (военный институт), Ульяновское высшее военное техническое училище тыла (военный институт), Военно-транспортный университет Железнодорожных войск и военных сообщений (г. Санкт-Петербург), Военный инженерно-технический университет (г. Санкт-Петербург), Военно-ветеринарный институт (г. Москва), Тольяттинский военный технический институт.
Сегодня Военная академия тыла и транспорта является ведущим учебным, научным и методическим центром Тыла ВС РФ и тыла воинских формирований федеральных министерств, управлений и служб.
Академия ежегодно проводит исследования по 30-40 научно-исследовательским работам, заданным Министерством обороны, Генеральным штабом, штабом Тыла ВС РФ. Ученые академии вносят значительный вклад в развитие отечественной военной науки.
Изобретения ученых ВАТТ широко используются в газовой, нефтехимической, автомобильной, пищевой и легкой промышленности, атомной энергетике, при строительстве железных и автомобильных дорог, мостов и тоннелей. Офицеры академии принимали активное участие в строительстве БАМа и дорог Нечерноземья, в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС, в обеспечении боевых действий в Афганистане и Чечне.
В настоящее время на двух факультетах: командно-инженерном (автомобильно-дорожном), заочного обучения, а также на специальном отделении (подготовки иностранных специалистов), и на академических курсах переподготовки и повышения квалификации осуществляется комплексная подготовка офицерских кадров по 15 специальностям и специализациям тылового и транспортного обеспечения. Среди них Организация перевозок и управление на транспорте (по видам), Строительство и эксплуатация автомобильных дорог и аэродромов, Строительство мостов, Управление тыловым обеспечением войск (сил), Управление воинскими частями и соединениями, Мосты и транспортные тоннели, Автомобильные дороги и аэродромы, Подъёмно-транспортные, строительные, дорожные машины и оборудование, Организация перевозок и управление на транспорте (по видам), Тыл Вооруженных Сил.
Отделение по подготовке специалистов со средним профессиональным образованием академии тыла и транспорта осуществляет набор курсантов для обучения по специальностям:
организация перевозок и управление на транспорте (по видам);
строительство и эксплуатация автомобильных дорог и аэродромов;
строительство мостов.
Форма обучения – очная, на бюджетной основе. Выпускники получают диплом государственного образца и квалификацию «техник». Продолжительность обучения – 2 года 10 месяцев.
В учебном процессе заняты 22 доктора и 134 кандидата наук.