В октябре 1990 г. состоялось открытие Ленинградских зональных курсов подготовки, переподготовки и повышения квалификации работников таможенных учреждений ИППК ГТК РФ. Правопреемником зональных курсов стал Северо-Западный филиал ИПК ГТК РФ (приказ ГТК РФ от 21.04.1993 г.). Открытие филиала ИПК ГТК РФ состоялось в сентябре 1993 г. Директором филиала был утвержден доктор исторических наук А.Н. Мячин, пришедший в таможенные органы из Санкт-Петербургского государственного университета.Совместными усилиями творческого коллектива ИПК ГТК РФ (А.Н.Мячин, А.В.Аграшенков, С.Н.Гамидуллаев, В.Н.Лукин, С.П.Удовенко, Н.Л.Коваль, М.М.Шумилов)и сотрудников СЗУ ГТК РФ (Р.А.Перфильев, Т.В.Мусиенко)была разработана Концепция развития системы подготовки кадров для таможенной службы Северо-Западного региона и создана комплексная система подготовки экономистов и юристов для таможенных учреждений России. Во многом это стало возможным благодаря постоянной поддержке Филиала руководством СЗТУ России В.Б. Бобковым, В.А.Шамаховым, В.А.Костиным и В.Н.Захаровым.
22 сентября 1993 г. Постановлением Правительства Российской Федерации № 940 образована Российская таможенная академия, а 5 августа 1994 г., в соответствии с Программой реализации кадровой политики таможенной службы Российской Федерации, открыт ее Санкт-Петербургский филиал.
1 октября 1994 г. Санкт-Петербургский филиал Российской таможенной академии первым произвел набор и начал подготовку экономистов и юристов таможенного профиля очной и заочной форм обучения сразу на двух факультетах – экономики таможенного дела и юридическом. Ими стали двадцать девять слушателей Филиала первого набора. Именно к ним были обращены слова В. В. Путина, который, еще будучи вице-мэром Санкт-Петербурга, приветствовал первокурсников 1 сентября 1995 г. на Дне знаний в Санкт-Петербургском филиале: «Та профессия, которой вы себя решили посвятить, чрезвычайно важна именно сегодня и неслучайно возникло это учебное заведение. Оно создано потому, что у нас должны быть люди, которые могли бы грамотно работать, защищая экономические интересы России. Государство не может обходиться без таможни, она вносит огромный вклад в укрепление экономического потенциала страны».
Высокое качество обучения и востребованность специалистов Филиала характеризуется следующими, наиболее показательными, достижениями:
– выпускники Филиала уже сегодня занимают руководящие должности во многих таможнях, хотя первый выпуск (10 выпускников из 28 получили диплом с отличием!)состоялся только в 1999 г.;
– выпускники Филиала постоянно являются победителями ежегодных конкурсов профессионального мастерства в СЗТУ;
– все выпускники очной формы обучения распределяются в таможенные органы Санкт-Петербурга и СЗТУ.
Всего в Филиале подготовлено 1950 выпускников. Характерно, что подавляющее большинство выпускников предпочитает постоянно работать в таможенных органах города и региона. Таможенную службу оставили менее 10%выпускников.
В рейтинге высших учебных заведений Санкт-Петербурга филиал в последние годы прочно входит в десятку самых востребованных ВУЗов города.